醫療系統攸關整體國民的健康品質，更進一步影響國家整體經濟的發展，因此如何善用醫療資源遂成國家整體發展的重要一環。由於醫療資源與醫病相關資訊量大且複雜，因此如何利用資訊及網路科技協助醫療機構提昇醫療品質也成為一重要的學術發展發方向。
本校及附屬醫院在醫學相關領域已有相當傑出的表現，為更進一步提昇學校整體發展潛力，於92學年度成立資訊管理學系，招收第二類組學生，配合本校教學醫院之資源與發展，期能培養兼具資訊、網路、管理及應用（特別是醫學相關領域）的全方位知識經濟時代人才。97學年度更名「應用資訊科學學系」，同年成立碩士班。

　　 因應少子化及老人化問題，醫學資訊跨領域相關應用乃未來趨勢，101學年度起更名為「醫學資訊學系」，結合學校教學醫院資源與發展，期能培養兼具資通訊等相關技術應用於醫學(醫療)與健康照護之跨領域醫療資訊專業人才。

提昇國內醫療資訊品質，積極培育具有醫療資訊技術與系統整合管理能力之人才。

本系的教學目標為：

　　融入人文素養與專業倫理之精神，培養具宏觀視野、創新及應變能力之跨領域醫療資訊管理人才。

　　　◎臨床實務：運用本校附屬醫院資源，提供醫院資訊系統實務與資料庫學習環 境，培育學生具備醫療資訊與管理之知識。

　　　◎跨域學習：結合校內醫學系所資源，教育內容橫跨臨床醫學與生物統計，提供完整醫療資訊跨領域知識學習。

　　　◎預防醫學：因應高齡/少子化，朝預防醫學、個人化健康與生活照顧資訊系統發展，培育學生具備資訊應用與系統整合之能力。

　　　◎人文關懷：結合社會非營利事業機構資源落實人文關懷與社會回饋，培養學生具備終身學習與社會關懷之精神。

　　「醫學資訊學是跨領域的重要科學，藉由學習多元資訊技術、醫療臨床知識與人工智慧應用以促進高品質的生活」。為提昇國內醫療資訊品質，秉持前瞻與兼顧社會需求，並融入人文素養與專業倫理之精神，培育具宏觀視野、創新及應變能力之跨領域醫療資訊與管理人才。

本系畢業學生的生涯規劃有以下兩大具體方向：

　　◎繼續學術研究

　　 　　由於本系課程涵蓋生醫、資訊科學、資訊工程、管理科學及相關應用領域的基礎課程，因此本系學生畢業後，除了可申請或報考國內外資訊相關科系碩博士班外，亦可跨入其他學術領域進行深造。

　　◎進入醫療院所或企業組織

　　 　　本系重點發展特色之一為著重理論與實務的結合，因此本系的畢業生除了具備紮實的資訊、網路與管理知識外，更具備不同應用領域的專業知識，因此本系畢業生可進入生醫儀器與軟體公司、醫療相關院所或企業組織資訊或管理部門，擔任程式設計、組織規劃和系統建置等工作，如：台積電、聯發科、廣達、美光、聯電、坤眾科技、采威科技、HTC、中山醫學大學附設醫院資訊室、中國醫藥大學附設醫院資訊室與大里仁愛醫院資訊室等。